La Secretaría de Estado para la Unión Europea desempeña una labor activa de coordinación y seguimiento de las actuaciones de los Ministerios en las políticas europeas y asegura la coordinación del proceso de fijación de la posición española en las mismas. Con el fin de asegurar la correcta interlocución con los Ministerios en el proceso de formulación y ejecución de la política exterior de España en el ámbito comunitario, la SEUE cuenta con dos Direcciones Generales dedicadas a asuntos de la Unión Europea, integradas a su vez por ocho Subdirecciones Generales temáticas en permanente contacto con el resto de Ministerios.

Asimismo, la Secretaría de Estado para la Unión Europea​ es la encargada de convocar, presidir y asegurar la continuidad de la Comisión Interministerial para Asuntos de la Unión Europea (CIAUE). Creada por el Real Decreto 1567/1985, la CIAUE es un órgano colegiado presidido por el Secretario de Estado para la Unión Europea en el que están representados todos los Ministerios. Cumple una función de coordinación de la actuación de los Ministerios responsables de representar a España en las distintas formaciones del Consejo y sirve como foro de intercambio de información sobre las materias con incidencia comunitaria que afectan a cada Departamento. Las reuniones de la CIAUE tienen lugar con carácter previo a cada Consejo de Asuntos Generales.​