En mayo de 1949, fueron diez los miembros fundadores: Bélgica, Dinamarca, Francia, Irlanda, Italia, Luxemburgo, Noruega, los Países Bajos, el Reino Unido y Suecia. Pocos meses después, se incorporaron Grecia y Turquía. Alemania lo hizo en 1950. El CdE cuenta con la adhesión de la práctica totalidad de los países del continente, como única organización paneuropea, compuesta por 47 Estados que han pasado a ser 46 después de la expulsión de Rusia. 

España se convirtió en el decimonoveno miembro el 24 de noviembre de 1977, un año antes de que se aprobase la Constitución española. Se trata del único caso en el que un Estado ha sido admitido antes de disponer de una ley fundamental democrática.

El presupuesto del CdE para 2022 es de 477 millones de euros. La contribución ordinaria de España a ese presupuesto es de 20.063.310 euros, a lo que se suman las contribuciones de otros Ministerios a Acuerdos Parciales. 

Adicionalmente, España realiza contribuciones voluntarias para la realización de proyectos, que van desde el fortalecimiento del Tribunal Europeo de Derechos Humanos (TEDH) y de la comisión de Venecia hasta proyectos de asistencia en el marco de la Vecindad, fundamentalmente a través del centro Norte-Sur, y comunicación y divulgación de los trabajos del CdE en español. 

El CdE es una organización internacional clásica (es decir, sin carácter supranacional, al no tener atribuidas competencias soberanas, a excepción de lo indicado para el TEDH). Esto significa que los Estados miembros tienen la capacidad decisoria exclusiva. 

Su participación se articula a través del Comité de Ministros, que se reúne una vez al año (en mayo) en formación de ministros de Asuntos Exteriores. Cuenta con una presidencia de turno semestral. España la ejerció entre noviembre de 2008 y mayo de 2009. Con el objetivo de garantizar que sus normas son aceptables para todos, la regla básica para la toma de decisiones es el consenso (si se fuerza una votación, se requiere una mayoría de dos tercios de los Estados miembros).

En el día a día, las funciones del CM las ejerce el Comité de Delegados de Ministros (CDM), compuesto en su mayoría por Embajadores Representantes Permanentes (ERP), que se reúne al menos tres veces al mes. 

La Secretaría General ejerce funciones de apoyo al CM, así como otras de carácter en el seno del CdE tales como de representación, recursos humanos, protocolo y comunicación. A su frente, se encuentra la Secretaria General (SG).  La SG establece la estrategia y propone la estructura y presupuesto de la Secretaría, que deben ser aprobados por el CM. El Secretario General es nombrado por la Asamblea Parlamentaria por recomendación del CM.

La Asamblea Parlamentaria del Consejo de Europa (APCE) es una de sus instituciones originarias. Recogida ya en el instrumento constitutivo de Londres de 5 de mayo de 1949, la entonces Asamblea Consultiva celebró su primera sesión el 10 de agosto de ese mismo año, lo que la convierte en la asamblea parlamentaria internacional más antigua. 

La APCE carece de capacidad normativa, pero proporciona el impulso político del diálogo entre los Estados miembros, elevando recomendaciones que orientan la agenda política del CM y preguntas que este está obligado a responder. Adopta también resoluciones y opiniones. Es el gran foro de debate entre las fuerzas políticas paneuropeas, incorporando sus dimensiones ideológica y nacional. Realiza investigaciones sobre denuncias de violaciones de derechos humanos. Envía misiones de observación electoral. Elige al SG y al SGA, al Comisario de Derechos Humanos y a los jueces del TEDH. Juzga el cumplimiento de los criterios de adhesión al CdE y realiza el seguimiento y control del cumplimiento de los compromisos asumidos con los estándares en el momento de la adhesión. Mantiene relaciones con otras organizaciones internacionales, como la OTAN o la OCDE, de cuya última sirve de cámara parlamentaria, como también es foro parlamentario para algunas organizaciones deportivas europeas. Además, puede solicitar opiniones a la Comisión de Venecia.

Actualmente está formada por 306 diputados y senadores de los Estados miembros, de los que a España le corresponden 12 titulares (6 diputados y 6 senadores) y 12 suplentes. Además, cuenta con la presencia, con voz pero sin voto, de representantes de Estados y parlamentos observadores (el Knéset de Israel desde 1957, el Parlement de Canadá desde 1997 y México desde 1999) y socios para la democracia, una fórmula que permite desde 2009 a Parlamentos de regiones vecinas – como son los de la Autoridad Nacional Palestina, Jordania, Kirguistán, Marruecos y Túnez – asistir en un formato menos formal, con el objetivo de consolidar transiciones democráticas. A diferencia de los anteriores, no presentan credenciales, pero la Mesa de la APCE aplica las mismas reglas a sus delegaciones. Sin derecho a voto, su participación activa requiere autorización de la Presidencia caso por caso. Pese a la oposición española, Kosovo logró también en 2017 un estatuto análogo a estos últimos.

El Presidente de la APCE preside las reuniones más importantes y es el portavoz de la Asamblea. 

- Asuntos Políticos y Democracia

- Asuntos Legales y Derechos Humanos

- Asuntos Sociales, Salud y Desarrollo Sostenible

- Migraciones, Refugiados y Personas Desplazadas

- Cultura, Ciencia, Educación y Medios

- Igualdad y No Discriminación

- De Seguimiento (del cumplimiento de las obligaciones y los compromisos de los Estados miembros, que puede derivar en recomendaciones al CM por incumplimientos de convenios, recomendaciones de órganos o sentencias del TEDH)

- Reglamento, Inmunidades y Asuntos Institucionales (incluye régimen disciplinario y aplicación de sanciones)

- De elección de Jueces del TEDH (verifica la competencia técnica e idoneidad para el cargo y presenta al pleno una terna por orden de preferencia no vinculante).

Las comisiones cuentan con subcomisiones temáticas. Los parlamentarios pueden ser miembros de pleno derecho de un máximo de dos comisiones.

El Congreso de Poderes Locales y Regionales (CPLR) nació en 1953 en tanto que comisión de la APCE, hasta que en 1994 se convirtió en una institución propiamente dicha. 

Tiene por misión dar cauce a la participación en las labores del CdE de las autoridades locales y regionales. Los objetivos principales del CPLR son el seguimiento de la democracia a nivel local y regional, la observación de elecciones locales y regionales y la cooperación mediante planes de acción tanto en Estados miembros como en países de la vecindad sur del CdE, especialmente Marruecos y Túnez.

El Tribunal Europeo de Derechos Humanos (TEDH) fue creado en 1959 para velar por el respeto del CEDH. Se trata de un órgano judicial permanente ante el cual tienen legitimación activa los Estados y los particulares. Los ahora 46 miembros del CdE forman parte del TEDH, con un juez por cada uno. 

La Comisaria de Derechos Humanos es una figura independiente y no judicial que se estableció en 1999 para velar por la promoción y el respeto de los derechos humanos en los ahora 46 Estados miembros. Entre sus funciones, se encuentra la de fomentar la observancia efectiva de los derechos humanos, asistir a los Estados miembros en la implementación de los estándares del CdE en materia de derechos humanos, promover la educación y la sensibilización en este ámbito, identificar posibles violaciones, ayudar al desarrollo de las labores de los defensores del pueblo y demás instituciones vinculadas con los derechos humanos y ofrecer recomendaciones e información a los Estados para que adopten medidas de reforma y adaptación de sus sistemas de promoción y protección de los derechos humanos. El primer Comisario de Derechos Humanos fue el español Álvaro Gil-Robles y Gil-Delgado. 

​