El Tratado de Ámsterdam se firmó en esta misma ciudad el 2 de octubre de 1997, entrando posteriormente en vigor el 1 de mayo de 1999. Se modificaban ciertas disposiciones del Tratado de la Unión Europea, de los de los tratados constitutivos de las Comunidades Europeas (París y Roma) y de algunos actos relacionados con los mismos. Así, supuso un gran avance hacia la unidad europea, en especial, en cuatro grandes sectores:
En primer lugar, el Tratado consagraba los principios regentes en la UE de libertad, democracia, no discriminación e igualdad de oportunidades, respeto de los derechos humanos y de las libertades fundamentales y del Estado de Derecho. Ello dio lugar a que en 1998 el Consejo Europeo aprobase la Carta de Derechos Fundamentales. Además, quedó prevista la posibilidad por parte de un Estado miembro de violar los derechos fundamentales, quedando reguladas las medidas que puede adoptar la Unión contra este estado.
Por otra parte, desarrolló el concepto de ciudadanía europea e introdujo medidas contra el desempleo, el respeto del medio ambiente y la protección de los consumidores. Igualmente, quedaba garantizado el derecho de todos los ciudadanos a acceder a los documentos de las instituciones de la UE y a comunicarse con ella en cualquiera de las doce lenguas oficiales de la Unión.
En tercer lugar, el Tratado de Ámsterdam introdujo la figura del Alto Representante del Consejo para la Política Exterior y de Seguridad Común (conocido popularmente como «Mr. PESC»), cargo predecesor del actual Alto Representante de la Unión para Asuntos Exteriores y Política Seguridad. Javier Solana, antiguo Ministro de Asuntos Exteriores de España y ex-secretario general de la OTAN, fue en 1999 el primer europeo designado para este puesto.
En cuarta instancia, el tratado de Ámsterdam amplió las competencias del Parlamento Europeo, introdujo algunas reformas en el funcionamiento de la Comisión y el Consejo de la UE y reforzó las funciones del Tribunal de Cuentas, del Comité Económico y Social y del Comité de las Regiones. De esta manera, se posibilitó la “cooperación forzada" entre estados miembros, permitiendo que aquellos países que deseen ir más allá de lo previsto en los Tratados en la integración en diversos aspectos, puedan hacerlo en el marco de la Unión Europea, lo que evita que el ritmo de la integración sea marcado por los países más reacios a la integración.
De manera adicional, se simplificó el procedimiento de codecisión, al ingresar ciertas materias del pilar intergubernamental de Justicia y Asuntos de Interior en el ámbito puramente comunitario. Por último, el Parlamento obtuvo el derecho de aprobación del Presidente de la Comisión designado.
